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Mycobacterium spp.(マイコバクテリウム属)
 Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
 Mycobacterium leprae (らい菌)
非定型抗酸菌:
 M. avium
 M. intracellulare
 M. kansasii

Legionella. pneumophila レジオネラ
陰性桿菌であるが便宜上(細胞内寄生菌)

Chlamydia spp. クラミジア属 偏性細胞内寄生性 0.2μm
 Chlamydia trachomatis (結膜炎や尿路感染症:STD)
 Chlamydia psittaci (おうむ病 Psittacosis)
 Chlamydia pneumoniae

Mycoplasma マイコプラズマ 細胞壁(-) 0.125μm
 Mycoplasma pneumoniae

Rickettsia spp. リケッチア属(偏性細胞内寄生性・単独分裂不可) 0.3μm
 R. prowazekii (発疹チフス epidemic typhus しらみを媒介)
 R. typhi (R. mooseri)発疹熱 murine typhus ねずみを媒介
 R. rickettsii ロッキー山紅斑熱
 R. japonica 日本紅斑熱
Orientia tsutsugamushi つつが虫病
Coxiella burnetii Q熱
Ehrlichia chaffeensis エーリキア(エールリヒア)症
Bartonella henselae (ネコ引っかき病)

Spirochaeta スピロヘーター (グラム陰性らせん菌/エンベロープあり)
Borrelia spp.
 B. recurrentis(回帰熱ボレリア)
 B. burgdorferi(ライム病ボレリア)
Treponema spp.
 Treponema pallidum(梅毒トレポネーマ)
 Treponema denticola、Treponema vincentii、Treponema medium(歯周病原因菌)
Leptospira spp.
 Leptospira interrogans(病原性レプトスピラ)
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